El ARN mensajero se ha sintetizado copiando la hebra molde, así que es complementario y antiparalelo a ella; la hebra codificante, en cambio, tiene la misma secuencia que el mensajero salvo que lleva timina donde el ARN lleva uracilo.
La hebra molde también se llama antisentido o no codificante, y es la que lee la ARN polimerasa en sentido
mientras fabrica el ARN en sentido
. Como comprobación, el mensajero empieza por AUG, el codón de iniciación, y termina en UAG, uno de los tres codones de parada, de modo que el fragmento codifica un péptido de cinco aminoácidos: Met-Ser-Pro-Tyr-Val.
El promotor es la secuencia de ADN situada delante del gen, en el extremo
de la región que se va a transcribir, que la ARN polimerasa reconoce y a la que se une para iniciar la transcripción. No se transcribe, pero determina qué hebra sirve de molde, en qué punto exacto empieza la copia y con qué frecuencia se transcribe el gen; en las bacterias son las cajas situadas en las posiciones
y
, y en los eucariotas la caja TATA.
El transcrito primario es la molécula de ARN recién sintetizada, tal como sale de la ARN polimerasa y antes de madurar. En los eucariotas contiene tanto los exones como los intrones del gen y carece todavía de caperuza y de cola; durante la maduración se le añade la caperuza de metilguanosina en el extremo
y la cola de poli-A en el
, y se eliminan los intrones por corte y empalme, con lo que se obtiene el ARNm maduro.
Un ARNm policistrónico es un mensajero que contiene la información de varios genes, es decir, varias regiones codificantes seguidas, cada una con su propio codón de inicio y de parada, que se traducen en proteínas distintas. Es propio de las bacterias, donde los genes de una misma ruta metabólica se agrupan en operones y se transcriben juntos en un solo ARNm, lo que permite regularlos a la vez. En los eucariotas los mensajeros son monocistrónicos: uno por gen.