El mRNA maduro de un eucariota es una molécula lineal, monocatenaria, en la que se distinguen cinco regiones.
La caperuza o cap, en el extremo
: una metil-guanosina unida de forma peculiar, mediante un enlace
trifosfato. Protege al mensajero de las exonucleasas, favorece su salida del núcleo y es la señal que reconoce la subunidad menor del ribosoma para iniciar la traducción.
La región
no traducida, que precede al codón de inicio y que interviene en la regulación de la traducción.
La región codificante, que va desde el codón de iniciación AUG hasta el codón de parada, y que contiene, en tripletes, la información sobre el número, el tipo y el orden de los aminoácidos de la proteína.
La región
no traducida, posterior al codón de parada, que contiene señales que regulan la estabilidad del mensajero.
Y la cola de poli(A) en el extremo
: una secuencia de decenas o cientos de adeninas que protege el extremo, facilita el transporte al citoplasma y determina en buena medida la vida media del mensajero.
Un rasgo importante es que el mRNA eucariota es monocistrónico: cada molécula codifica una sola proteína, a diferencia del procariota, que suele ser policistrónico.
El primero es la adición de la caperuza en el extremo
, que se produce muy pronto, cuando el transcrito apenas tiene unas decenas de nucleótidos.
El segundo es la poliadenilación: tras el corte del transcrito en el punto que marca una señal específica, la poli(A)-polimerasa añade la cola de adeninas en el extremo
.
El tercero es el splicing o corte y empalme, del que se encarga el espliceosoma: se eliminan los intrones —las secuencias no codificantes— y se empalman entre sí los exones. Es el paso más determinante, y no solo por lo que elimina: mediante el splicing alternativo, un mismo transcrito puede empalmarse de varias maneras y dar proteínas distintas, lo que explica que unos veinte mil genes humanos produzcan un número de proteínas muy superior.
Los tres ocurren en el núcleo, y solo cuando han terminado el mensajero puede atravesar los poros nucleares.
Como semejanza: ambos son ácidos ribonucleicos, es decir, polímeros de ribonucleótidos —con ribosa y con uracilo en lugar de timina— unidos por enlaces fosfodiéster, monocatenarios, sintetizados en el núcleo por transcripción a partir de un molde de DNA y activos en el citoplasma durante la traducción.
Como diferencia: su función y, con ella, su forma. El mRNA aporta la información y para ello permanece extendido, sin estructura secundaria estable, de modo que el ribosoma pueda leerlo codón a codón; es además una molécula de vida corta, que se degrada en horas. El tRNA, en cambio, no lleva información sino aminoácidos: su cadena se pliega sobre sí misma apareando zonas complementarias y adopta una estructura secundaria fija en forma de hoja de trébol, con un extremo aceptor
donde se une el aminoácido y un bucle con el anticodón que reconoce al codón. Es, además, mucho más corto —unos setenta y cinco nucleótidos— y mucho más estable.