La RNA-polimerasa es la enzima que cataliza la transcripción, es decir, la síntesis de una molécula de RNA a partir de una hebra molde de DNA.
Reconoce el promotor del gen, abre localmente la doble hélice sin necesitar helicasa, lee la hebra molde en sentido
y va añadiendo ribonucleótidos complementarios al extremo
de la cadena que crece, de modo que el RNA se sintetiza en sentido
. Al llegar a la señal de terminación, libera el transcrito y se separa del DNA.
Dos rasgos la distinguen de la DNA-polimerasa: no necesita cebador, porque puede iniciar la cadena de cero, y carece de actividad correctora, lo que la hace mucho menos fiel; el error es aquí tolerable porque el RNA es una copia transitoria y se degrada.
La diferencia fundamental es el número de enzimas distintas.
Los procariotas tienen una única RNA-polimerasa, que sintetiza los tres tipos de RNA —mensajero, ribosómico y transferente—. Está formada por un núcleo catalítico y un factor
intercambiable, que es el que reconoce el promotor y permite a la bacteria activar unos grupos de genes u otros según las circunstancias.
Los eucariotas tienen tres RNA-polimerasas nucleares especializadas: la I transcribe los rRNA en el nucléolo, la II transcribe los mRNA y la III los tRNA y el rRNA
. Además, ninguna de ellas reconoce el promotor por sí sola: necesitan un conjunto de factores de transcripción que se unen primero al DNA y las reclutan después.
De ahí derivan otras diferencias. En los procariotas la transcripción ocurre en el citoplasma y el mensajero se traduce mientras se está sintetizando, de modo que transcripción y traducción están acopladas; en los eucariotas la transcripción ocurre en el núcleo, el transcrito debe madurar y solo después sale al citoplasma para traducirse. Y el mensajero procariota suele ser policistrónico, mientras que el eucariota es monocistrónico.
La consecuencia práctica de estas diferencias es que ciertos antibióticos, como la rifampicina, inhiben la RNA-polimerasa bacteriana sin afectar a las nuestras.