La primera diferencia es el nivel de organización: las bacterias son células procariotas, sin envoltura nuclear, de modo que su ADN circular queda libre en el citoplasma formando el nucleoide, mientras que los protozoos son eucariotas y tienen un verdadero núcleo con su ADN lineal asociado a histonas.
La segunda es la complejidad del citoplasma: la bacteria carece de orgánulos membranosos —no tiene mitocondrias, retículo ni aparato de Golgi— y sus ribosomas son
; el protozoo posee todo ese sistema de endomembranas y ribosomas
. A ello se añade que la pared bacteriana es de peptidoglucano, mientras que los protozoos carecen de pared celular.
La primera diferencia vuelve a ser el nivel de organización: las arqueas son procariotas, sin núcleo ni orgánulos membranosos y con ribosomas
, frente a los eucariotas, que tienen núcleo, sistema de endomembranas y ribosomas
.
La segunda está en la naturaleza química de sus membranas: los lípidos de las arqueas son éteres de glicerina y cadenas ramificadas de isoprenoides, en ocasiones formando una monocapa, mientras que los de los eucariotas —y los de las bacterias— son ésteres de glicerina y ácidos grasos lineales dispuestos en bicapa. Su pared, cuando existe, tampoco contiene peptidoglucano.
La primera diferencia es que los virus son formas acelulares: no son células, sino partículas formadas por un ácido nucleico y una cápsida proteica, sin membrana plasmática propia ni citoplasma. La bacteria es una célula completa.
La segunda es que el virus carece de metabolismo y de ribosomas, por lo que no puede sintetizar sus propias proteínas ni obtener energía y ha de ser forzosamente un parásito intracelular obligado, que se replica utilizando la maquinaria de la célula que infecta. La bacteria posee metabolismo propio, se multiplica por bipartición y muchas especies son de vida libre. Cabe añadir que el virus lleva un solo tipo de ácido nucleico, ADN o ARN, mientras que la bacteria tiene los dos.
La primera diferencia es la composición: el virus está formado por un ácido nucleico envuelto en una cápsida de proteínas, y a veces por una envoltura membranosa adicional; el viroide es únicamente una pequeña molécula de ARN circular, monocatenario y desnudo, sin ninguna proteína asociada.
La segunda es su capacidad codificante y su ámbito de infección: el genoma vírico contiene genes que se expresan en la célula infectada y codifican al menos las proteínas de la cápsida, mientras que el viroide no codifica ninguna proteína y actúa interfiriendo la expresión génica de la planta. Los virus infectan a todo tipo de seres vivos; los viroides, exclusivamente a plantas.